CHANPON系をPC-9821で使う場合、リソースの割り当てがうまくいかないようです。
そんなときは、まりもさんの「CHACHA」やFeldlotosさんの「USB2ENB」を使うと良いようです。
(実は僕はよく分かっていませんが、まぁ安定化するんでしょう‥‥)
参考：PC-9821ソフトウェアのページ、金庫番の詰所

SCSIが不安定な場合(データ化け、起動しない等)はまず、ケーブルとアクティブターミネータを疑ってみましょう。
次に、menu.exeで転送速度を落としてみましょう。
また、USB, SOUNDを切り離せば安定するみたいです。
各機能はCHANPON3上のジャンパで切り離せます。(ボードの裏に各ジャンパの説明がある)

MS-DOSでHDDが見えない場合、98BIOSに書き換えれば使えるようになります。

FreeBSDで使いたい場合、IOIのサイトにFreeBSD用のファイルがあるので、それを組み込んでカーネルを再構築すれば使えるようになります。
ただし、4.x-RELEASEまでで、5.x系以降には対応してません。(対応して欲しい)

僕が初めに買ったCHANPON3はUSBが不安定で、Windows98の起動途中にハングアップ。
無事に起動してもデバイスマネージャでUSBルートハブに「！」がついていて、「ハブの転送要求が失敗したため使用不可になっています。」 というメッセージが出て使えませんでした。
ただ、夏になると(暖かいと？)調子が良くなり使えていました。
調べた結果、USBは電源容量が低いと不安定になるという情報を見て早速電源交換。
しかし変化なし。
友人のPC/AT互換機に差して試したところ、同様の結果となったので不良(あるいは相性問題)という結論を出しました。
で、２つ目を買ってきたら今のところ無事に動いています。

個人的にはUSB1.1で良いので、Cバス用のUSBボードが出てきて欲しいですね。→玄人志向から「PK-MISTRESS9」という製品が出ていましたが、USB部分はドライバが存在していないので基本的に使えません。

SOUNDはPC-9821のWindows98ではWAVを再生しての最初のコンマ数秒がループ再生(？)して使えません。
そんな時はminiminisoftのC-VxDを使ってみましょう。(宣伝)

安定して動く98対応PCI複合ボードが出ると良いな。
具体的には98でブート可能なストレージ(ATAでも良い)、USB(1.1でも良い)、SOUNDがあるもの。
そしてWindows98完全対応。
‥‥もう無理でしょうか？